절의 창건은 1830년(순조 30)에 작성된 『한산사중창서』에 의하면 보조국사 지눌(1158 ~ 1210)이 세웠다 한다. 이
중창문이 사찰의 역사를 전하는 가장 오래된 기록으로, ‘구봉산은 우리나라 여러 산 가운데 가장 영험한 곳으로 수목이 울창한데, 이러한 명산에 사찰이 없음을 안타까워 한 보조국사가 이에 절을 창건하였다.’고 하였다. 하지만 이 내용이 어디에 근거하였는지는 밝혀져 있지 않다. 한편 절의 사정을 전하는 최근 기록들은 여기에서 더 나아가 1195년(고려 명종 25)에 보광사(普光寺)라는 이름으로 창건된 것으로 적고 있다.

창건 이후 근대까지의 연혁은 전하는 것이 거의 없다. 다만 임진왜란이 일어났던 1592년 9월 이후 당시 전라좌수영
산하의 모든 수군들이 흥국사를 본영으로 해서 전쟁에 참여하였는데, 이때 한산사도 수군과 의승군(義僧軍)의 주둔
처로 활용되면서 법등을 이었을 것으로 추측할 수 있다. 다시 말해서 호국사찰로서의 역할을 수행하였을 것이다.
지금 절에 전하는 범종의 조성 시기가 18세기 말엽으로 추정되므로 당시 절의 연혁에 대한 하나의 참고가 된다.